После окончания ординатуры в 2008 году непродолжительное время работала в кардиологическом санатории, специализирующемся на реабилитации пациентов после ОИМ и кардиохирургического вмешательства. Вскоре Виктория Анатольевна поняла, что для нее эта деятельность не подходит, и ушла работать в районную поликлинику.

В поликлинике большую роль в становлении как специалиста для Агальцовой сыграла заведующая терапевтическим отделением, которая благодаря своему опыту и профессионализму привила ей любовь к амбулаторной терапии.

В 2016 году Виктория Анатольевна прошла повышение квалификации по общей врачебной практике. Это позволило ей значительно глубже и шире проводить лечебно-диагностический процесс у пациентов, а также активно принять участие в проектах ДЗМ «Пульс города» и «Здоровая Москва». Затем Агальцова испытала свои знания и навыки в проекте «Московский врач». В числе первых соискателей она успешно прошла все испытания и получила этот статус. Свою работу в поликлинике она также сочетала с наставнической деятельностью и сопровождала новых врачей. Накопленный 15-летний опыт практической деятельности сейчас помогает Виктории Анатольевне в организационно-методической работе.

Агальцова продолжает практическую деятельность в виде экспертной работы окружного специалиста по профилю общей врачебной практики, а также в качестве автора по разработке оценочных процедур по ОВП и эксперта в комиссии по терапии и ОВП в кадровом центре ДЗМ.